Pelemix raccomanda un'accurata disinfezione della fibra di cocco tra una coltura e la successiva. La disinfezione fa parte delle attività richieste per la cura della coltura, anche se la sola disinfezione non è sufficiente ad evitare il proliferare di insetti e malattie, se non si mettono in atto tutte le azioni correlate.

La sostanza più efficace e più comunemente usata per la disinfezione era il bromuro di metile (CH₃Br): in seguito al recente impegno per la tutela ambientale, il bromuro di metile non viene più utilizzato ed è stato sostituito da numerose altre sostanze che, combinate, possono portare ad ottimi risultati. In caso si identifichi una specifica malattia all'interno dei sacchi di crescita, va somministrato un trattamento specifico prima di procedere alla disinfezione.

Per la disinfezione della fibra di cocco raccomandiamo il sodio metam (C₂H₄NNaS₂), rispettando le seguenti istruzioni:

la disinfezione va effettuata dopo la fine della coltura, e quando il coltivatore non ha intenzione di mantenere le vecchie piante.

1) . Prima di procedere alla disinfezione interrompere le irrigazioni fino a quando la fibra di cocco sarà relativamente asciutta.

2) La quantità di sodio metam necessaria per un metro cubo di fibra di cocco è di 500 ml (ad esempio 55 sacchi di crescita delle dimensioni di 12cmx15cmx100cm equivalgono ad 1 metro cubo di fibra di cocco).

3) Il sodio metam va somministrato attraverso molteplici cicli di irrigazione, utilizzando però quantitativi minimi d'acqua per evitare il formarsi di acqua di drenaggio.

4) Dopo la disinfezione, la fibra di cocco va lasciata riposare per 14 giorni.

5) Al  termine della procedura la fibra di cocco va lavata per poter poi essere riutilizzata.